17年前，Shinjuro Kondo先生搬到現在的居住地——日本富士山的故鄉靜岡縣，但今年76歲高齡的他卻抱怨說“肩膀僵硬、頭痛、失眠、手抖……自去年2月份以來，就在風力渦輪機試運行開始后不久，我就出現了各種癥狀。”而老人的住所距離一組風力渦輪機大概只有350米遠。
　　
　　據PhysOrg網站報道，在老人的大約100名鄰居中，超過20%的人也抱怨類似的身體不適。鄰居們說，當風力渦輪機由于機械故障或其他原因停轉的時候，他們的癥狀會有所減輕。
　　
　　此類身體不適和風力渦輪機之間的關系尚不清楚，但風力渦輪機產生的次聲波可能是罪魁禍首。這種次聲波每秒振動1到20次，由于頻率太低，人耳無法聽到。目前，類似的投訴在日本其他地區也有報道，但不知是否與風力渦輪機產生的噪音有關。
　　
　　風力渦輪機運營商對此非常關注，想了解應該采取哪些措施。據PhysOrg.com網站分析原因有以下幾點第一，對次聲波噪音的敏感度存在個體差異;第二，次聲波對人的影響隨著心理因素而改變，例如，即便是同樣的音量，不愉快的聲音比愉快的聲音更能讓人不舒服;第三，身體不適與次聲波之間的因果關系尚未得到清晰。
　　
　　2004年，日本環境省為當地政府制定了指導準則，用于處理由次聲波噪音引起的問題。該準則的發布主要針對由工廠或建筑工地頻率在20到200赫茲的次聲波造成損害。然而，風力渦輪機產生的次聲波頻率太低，不受該準則的約束。
　　
　　日本《噪音管制法》(Noise Regulation Law)規定了工廠和建筑工地的噪音水平，同時，《環境影響評價法》(Law for Assessment of Environmental Impacts)也規定大型發展項目啟動之前，應該評估其對周圍地區的影響。但是風力渦輪機不在兩法的管轄范圍之內。
　　
　　無論是在日本國內還是在國外，目前還沒有任何分析次聲波和人類健康之間關系的。和歌山市(Wakayama)醫生Fumitaka Shiomi研究次聲波噪音問題長達30年，他表示“次聲波噪音會損害人類健康。除非立即采取措施，否則將會出現嚴重問題。”
　　
　　但日本環境省大氣環境課負責人Tomohiro Shishime表示“首先，我們要考察實際情況。環境省目前正要求當地政府收集類似投訴。”日本足利工業大學(Ashikaga Institute of Technology)院長Izumi Ushiyama致力于風力渦輪機的推廣，他表示“在聽取運營商和居民的意見之后，我們會尋找解決辦法。”
　　
　　風力發電對鳥類也構成了威脅，鳥類常常撞死在渦輪機旋轉的葉片上。日本環境省證實，從2003財年開始，13只罕見物種白尾雕就這樣被奪去生命。日本野鳥協會(Wild Bird Society of Japan)自然保護辦公室副主任Yukihiro Kominami認為，這些例子僅是冰山一角。他說“我們必須盡快找出各個地區存在的類似問題，否則我們將看到鳥類繼續受到傷害。”
　　
　　也有人認為，風力渦輪機旋轉的大葉片破壞了當地景觀。日本長野市的居民組織起來，反對在當地建設風力發電場，當地政府還制作了一張地圖，顯示了擬建的風力發電場對自然和景觀的影響。一名負責人表示“我們希望運營商能夠評估環境問題，并借助此圖向當地居民解釋清楚。”
　　
　　專家們日益達成共識，認為風力發電項目應該被納入到環境影響評估法律中。環境省計劃在中央環境審議會(Central Environmental Council)上探討這個設想，研究修改法律的可能性。
　　
　　非盈利環保組織日本可持續能源政策研究所(Institute for Sustainable Energy PoliciesInstitute for Sustainable Energy Policies)負責人Tetsuya Iida表示“風力發電已經取得商業成功，比太陽能發電成本低。必然存在一種風電與自然和居民和諧共處的途徑，日本政府應該考慮建立一個框架，協助探尋這種方式。”